Stortinget fastset Finanstilsynets budsjett som ein del av det årlege statsbudsjettet. Finanstilsynets inntektsbudsjett omfattar ein årleg tilsynsavgift, og gebyr for nærmare bestemte oppgåver. Finanstilsynets utgifter skal dekkast fullt ut av institusjonane som er underlagde tilsyn, gjennom betaling av ei årleg tilsynsavgift.
Kven som er underlagd tilsyn, går fram av Lov om tilsynet med finansinstitusjoner mv. (finanstilsynslova) av 7. desember 1956 nr. 1. Lova er supplert med forskrifter som blei fastsett av Finansdepartementet 18. desember 2015, med endringar 21. desember 2016.
Tilsynsavgifta er basert på tildeling gitt frå Stortinget same år som tilsynsavgifta blir sendt ut. Tilsynsavgifta blir beregna på grunnlag av omfanget av tilsynsarbeidet med dei ulike gruppene av tilsynseiningar, jf. § 9 i finanstilsynslova. Fordelinga på grupper skjer på grunnlag av vekeverks- og rekneskapsrapportar for verksemda til Finanstilsynet året før utsendinga. Korleis fordelinga skjer mellom dei ulike tilsynseiningane innan den enkelte tilsynsgruppa, er fastsett i forskrifta.
Finanstilsynet utarbeider årleg eit forslag til berekning av tilsynsavgift (utlikning), som blir send bransjeorganisasjonane til høyring. Etter høyring blir den endelege tilsynsavgifta (utlikning) utarbeidd, og krav om betaling blir send til føretak under tilsyn. Statens innkrevjingssentral bistår Finanstilsynet med innkrevjinga.
Finanstilsynet krev òg saksbehandlingsgebyr for enkelte oppgåver. Det blir kravd gebyr ved kontroll av prospekt etter verdipapirhandellova, for behandling av konsesjon for å drive verksemd som e-pengeføretak og betalingsføretak, og for behandling av søknad om inkassobevilling. Innbetalte gebyr i året blir trekte frå ved berekning av tilsynsavgift for dei gruppene som både betaler gebyr og tilsynsavgift.